An toàn thực phẩm trong chăn nuôi không chỉ đơn thuần là sản phẩm thịt, trứng, sữa... sạch, đẹp về mặt hình thái bên ngoài như không nhiễm bẩn, ôi thiu, nhiễm khuẩn, mà còn ở chổ sản phẩm không chứa các chất tồn dư độc hại như chất tăng trọng, kháng sinh, kim loại nặng, dư lượng hóa chất bảo vệ thực vật... Do đó để có sản phẩm an toàn đến tay người tiêu dùng thì phải thực hiện tốt từ khâu sản xuất đến khâu sơ chế, chế biến, giết mổ, vận chuyển, phân phối, bảo quản.

Trong quá trình chăn nuôi có rất nhiều nguyên nhân gây mất vệ sinh an toàn thực phẩm tuy nhiên người chăn nuôi cần lưu ý một số nguyên nhân và biện pháp chăn nuôi bảo đảm an toàn thực phẩm:

1. Nguyên nhân gây mất vệ sinh an toàn thực phẩm

- Môi trường: Xây dựng chuồng trại gần các nhà máy công nghiệp thải ra các kim loại nặng như chì, thủy ngân, asen..., gần nguồn nước bị ô nhiểm. Do đó sẽ tạo ra các sản phẩm không an toàn.

- Con giống:Chưa sạch bệnh, nguồn gốc không rõ ràng, lai tạo không đúng

- Phương thức chăn nuôi:Nhỏ lẻ, kém vệ sinh (gia súc nuôi gần nhà, xử lý phân, nuôi thả không đúng).Việc trộn các kháng sinh, hóa chất cấm, hoặc phối trộn nguyên liệu thức ăn có chứa nấm mốc, có lẫn những mảnh vỡ kim loại, sử dụng các bao bì chứa hóa chất để chứa thức ăn, không vệ sinh các dụng cụ nghiền trộn thức ăn, nhất là sau khi trộn thức ăn có thuốc... là những việc nguy cơ gây ảnh hưởng đến an toàn vệ sinh thực phẩm thông qua thức ăn.Lạm dụng quá nhiều các loại kháng sinh. Giết mổ: Không tập trung, mổ chui, mổ gia súc, gia cầm ốm, không có kiểm soát thú y, còn giết mổ tại nhà không đảm bảo vệ sinh.

-Về nước uống:Đây là yếu tố thường người chăn nuôi ít quan tâm. Phần lớn nguồn nước uống sử dụng trong chăn nuôi là nước giếng khoan, giếng đào và nguồn nước này dễ nhiễm các chất có hại từ môi trường xung quanh như hóa chất, thuốc BVTV, vi sinh. Dụng cụ chứa nước không được vệ sinh cũng có thể là tác nhân gây nhiễm bẩn nước.

2. Các biện pháp chăn nuôi đảm an toàn thực phẩm

- Chúng ta cần phải lựa chọn vị trí xây dựng chuồng trại phù hợp, cao ráo, thoáng mát, cách xa các khu công nghiệp. Gần nguồn nước sạch.

- Mua giống phải rõ nguồn gốc rõ ràng, địa chỉcác cơ sở cung cấp con giống có uy tín, thương hiệu.

- Tăng cường chăn nuôi quy mô trang trại để có điều kiện cơ giới hóa chăn nuôi ở nông nghiệp nông thôn. Chuồng trại khi xây dựng phải có hố đựng phân và nước tiểu có nắp đậy, tốt nhất là xây dựng hầm biogas. Tuyệt đối không sử dụng các loại kháng sinh, chất tăng trọng, các hóa chất cấm dùng trong chăn nuôi, nuôi trồng cũng như trong bảo quản chế biến sản phẩm chăn nuôi. Nên dùng các chế phẩm sinh học thay thế kháng sinh trong thức ăn lợn, gà để tránh tồn dư kháng sinh trong thịt. Cần phải tuân thủ thời gian ngừng sử dụng thuốc trước khi giết mổ theo hướng dẫn trên nhãn mác hoặc bao bì, gia súc, gia cầm trước khi giết thịt cần phải được kiểm dịch, không giết mổ gia súc gia cầm bệnh, chưa qua kiểm dịch, không rõ nguồn gốc.

- Nước sử dụng trong chăn nuôi đáp bảo được lọc, không nhiễm tạp chất, mùi vị lạ đáp ứng tiêu chuẩn của Bộ Nông Nghiệp và Phát triển nông thôn.

Để đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm trong chăn nuôivà nâng cao sức cạnh tranh cho sản phẩm nông nghiệp, khuyến cáo người chân nuôi không sử dụng chất cấm, chất bảo quản, phụ gia thực phẩm, thuốc thú y ngoài danh mục cho phép. Điều này đòi hỏi phải thay đổi phương thức sản xuất thông qua áp dụng các mô hình sản xuất đảm bảo an toàn, từ khâu chọn giống, áp dụng quy trình sản xuất đến thu hoạch.