Sau Cách mạng tháng Tám 1945, xã Cẩm Vân bao gồm các làng: Vân Trai, Trường Yên, Tiên Lăng, Đồng Trân, Vô Kỵ, Yên Duyệt (thuộc tổng Vân Trai, sau đổi thành Vân Tập) và lấy thêm các thôn của tổng Quan Hoàng gồm Quan Bằng, Quan Phác, Vân Long, Cát Khánh.

Vào khoảng những năm 1962, cơ cấu lại một số xã về mặt hành chính, lúc này xã Cẩm Vân bao gồm các làng: Vân Trai, Quan Phác, Tường Yên, Tiên Lăng, Quan Bằng, Vân Long và Cát Khánh. Hiện nay, có thêm một số làng mới như Eo Lê, Đồi Vàng, Phác Vân, Đồi Chông, Cò Đồm, Tiên Lăng 2, Làng Dò là các làng được thành lập từ năm 1965 trở lại đây. Quá trình lập làng và sự phân bố cư dân ở đây cụ thể như sau:

- Làng Quan Bằng: Quan Bằng là một trong những làng cổ nhất ở Cầm Vân, có khoảng 600 năm tuổi, lúc đầu có tên là Bằng Biện Học; về sau nằm trong tổng Quan Hoàng nên được ghép lại gọi là Quan Bằng. Đứng trên chùa Mầu nhìn xuống hình thể của làng như một con cá Vược, nằm biệt lập một mình bên dòng sông Mã; phía tây nam có núi Mầu nâng đỡ, phía đông bắc là đồng ruộng bao quanh. Trong làng có 10 dòng họ gồm: họ Phạm, họ Nguyễn, họ Trần, họ Lê, họ Trịnh, họ Vũ, họ Dương, họ Đặng, họ Đồng, họ Lương, trong đó có khoảng 80% dân số trong làng mang họ Phạm.

Tương truyền, người thành lập làng là một người đàn bà đi bắt cua. Khi nhà vua đi vãn cảnh chùa Mầu giữa trời nắng thấy một bà bắt cua giữa đồng, bà đi đến đâu có áng mây che đến đó như lộng che, nhìn thấy sự lạ và cảm kích trước tính cần cù chịu thương chịu khó của người đàn bà, nhà vua truyền cho triều đình và phong tước cho bà là Ngọc Trân công chúa hay còn gọi là bà chúa Cua hay bà chúa Che.

- Làng Vân Trai: làng Vân Trai ra đời ở vùng núi Eo Lê vào khoảng cuối thế kỷ XIV đầu thế kỷ XV, nơi cửa ngõ ra vào của vùng đất Vĩnh Ninh (Vĩnh Lộc) với đồng bằng Thanh Hóa; khi đó vùng đất Cẩm Thủy có tên là Lỗi Giang, Đa Cẩm. Làng Vân Trai còn có tên là làng Cự Nẫm, có lịch sử hình thành khoảng 600 năm tuổi. Nhưng người mở đất dựng làng không phải là người dân bản địa mà là cư dân người ở nơi khác đến như Thạch Thành, Thiệu Hóa, Hòa Bình. Thành hoàng làng của làng Vân Trai là thần Độc Cước, Chu Văn Minh, là vị thần bảo hộ cho làng. Năm 1460, vua Lê Thánh Tông, niên hiệu Quang Thuận đổi Đa Cẩm thành huyện Cẩm Thủy, có 7 tổng, 9 mường, trong đó tổng Vân Trai có 7 sách. Cuối thế kỷ XVIII đầu thế kỷ XIX, triều Nguyễn đổi tổng Vân Trai thành tổng Vân Tập; làng Vân Trai ở chân núi Eo Lê bên tả ngạn sông Mã đổi chuyển sang hữu ngạn sông Mã - tức vị trí hiện nay. Hình dáng của làng giống như đuôi của con cá chép đang vùng vẫy. Làng là nơi cư trú chính của các dòng họ như họ Nguyễn, họ Lê, v.v...

- Làng Đồi Chông: làng Đồi Chông thành lập năm 1971, được tách ra từ làng gốc Tưởng Yên; vì làng nằm ở vị trí quanh chân đồi Chông nên gọi là làng Đồi Chông. Trong làng có các dòng họ chính cư trú như họ Nguyễn, họ Phạm, họ Lê, họ Trương.

- Làng Eo Lê: làng Eo Lê thành lập năm 1967, được tách từ làng gốc Vân Trai; vì làng nằm ở vị trí quanh chân núi Eo Lê (tả ngạn sông Mã) nên gọi là làng Eo Lê. Cư dân trong làng là con cháu họ hàng của làng Vân Trai, bao gồm các dòng họ như họ Nguyễn, họ Lê.

- Làng Tường Yên: sử sách xưa cho biết, thời Hậu Lê, Tưởng Yên có tên là Biện Sách Thượng, lúc bấy giờ còn bao gồm các chòm: Cợi, Cạch, Vót, Ao; sau đó gộp vào làng Yên Cư, thuộc xã Cẩm Tâm hiện nay. Biện Sách Thượng còn có tên gọi là làng Bịn, thời bấy giờ dân cư còn thưa thớt, xóm làng rậm rạp, trên khu Cò Me là rừng.

Về địa giới, phía đông giáp Giếng cạn và làng Vân Trai, phía tây giáp làng Tiên Lăng (Kim Lăng), phía nam giáp đồng ruộng rừng núi và Biện Sách Hạ, phía bắc giáp sông Mã.

Làng Tường Yên xưa có 3 phe: phe Đông, phe Trên, phe Ngài, tập hợp các lứa trai đinh trong làng để sinh hoạt phe, lo việc tế lễ cho từng phe. Mọi sinh hoạt của các phe chỉ dành riêng cho nam giới, nên ngoài việc vui chơi nơi giếng làng thì cũng có những ngày lễ tâm linh như ngày 14 tháng Giêng và ngày 12/2 Âm lịch hằng năm là ngày lễ rượu và lễ Kỳ Phúc, các phe rước kiệu, rước linh vị và các nhà gửi sắc thần ra nghè để tế lễ, nữ giới chỉ được vui chơi ở giếng làng và các nẻo đường công cộng còn nơi nghè miếu thì chỉ có đàn ông mới được lui tới. Tính đến năm 2014, làng có các dòng họ như: họ Nguyễn, họ Phạm, họ Lê, họ Trương; trong đó họ Phạm là dòng họ đầu tiên từ vùng mường của tỉnh Hòa Bình đến làng đầu tiên, là dòng họ có số lượng dân cư lớn nhất.

-  Làng Tiên Lăng: làng Tiên Lăng xưa có tên là Kim Lăng. Tiên Lăng là một trong 7 sách, thuộc tổng Vân Trai. Hình thế của làng Tiên Lăng nhìn giống như đầu của một con cá Lăng, nên người dân đã lấy đặc điểm ấy của vùng đất mà đặt tên làng, sau đó làng Tiên Lăng đã tách ra làm hai làng Tiên Lăng 1 và làng Tiên Lăng 2. Trong làng có các dòng họ cư trú như họ Đàm, họ Lê, họ Trương, họ Phạm, họ Lý; trong đó họ Phạm có số lượng dân cư lớn nhất.

- Làng Cò Đồm: làng Cò Đồm có nguồn gốc từ làng Quan Bằng. Tên làng cũng lấy địa danh Cò Đồm để đặt tên làng. Năm 1962, ông Lê Đình Hồ - xã viên hợp tác xã Quan Bằng là người đầu tiên đến định cư tại làng Cò Đồm.

Trong quá trình hình thành và phát triển, trong làng có các dòng họ di cư từ xã Hoằng Xuyên (Hoằng Hóa) đến là họ Lê, họ Phùng, họ Nguyễn.

-  Làng Phác Vân: làng Phác Vân được thành lập năm 1971, được tách ra từ làng Quan Phác, là một làng ở tả ngạn sông Mã nằm xen với các làng của xã Cẩm Tân. Sở dĩ lấy tên là Phác Vân, vì Phác trong làng Quan Phác và chữ Vân là tên xã Cẩm Vân mà hình thành nên. Các dòng họ cư trú ở đây gồm họ Phạm, họ Lê, họ Nguyễn.

-   Làng Dò: làng Dò được thành lập năm 1976, cư dân của làng được tách ra từ làng Quan Bằng và làng Vân Cát. Về tên gọi của làng được lấy theo địa danh một hang động tự nhiên trong làng đó là hang Dò. Làng Dò là nơi cư trú của các dòng họ như họ Nguyễn, họ Phạm.

- Làng Vân Long: làng Vân Long là một làng cổ của xã Cẩm Vân, xưa kia làng Vân Long có tên gọi là làng Bịn Hạ, nằm trong tổng Vân Tập. Truyền thuyết kể rằng; những cư dân từ miền xuôi khi di cư đến vùng đất của làng nhìn lên trời thì thấy có một đám mây hình con rồng sáng cả một vùng trời, cư dân làng cho đây là một điềm lành nên quyết định chọn vùng đất này làm nơi cư trú dài lâu, sinh con đẻ cái và tồn tại đến ngày nay. Trong làng hiện có các dòng họ cư trú như họ Trịnh, họ Nguyễn; trong đó họ Nguyễn có số lượng dân cư đông nhất.

- Làng Cát Khánh: làng Cát Khánh là một làng cổ của xã Cẩm Vân, cũng như làng Vân Long, làng Cát Khánh nằm trong tổng Vân Tập, còn có tên gọi khác là làng Bịn Hạ. Theo các cụ cao niên trong làng cắt nghĩa, chữ Cát Khánh có nghĩa là sự kỳ vọng, thể hiện sự cát tường hưng thịnh của một vùng đất đầy hứa hẹn, đánh dấu một sự khởi đầu mới. Hiện nay, làng là nơi có các dòng họ cư trú như họ Nguyễn, họ Phạm.

- Làng Quan Phác: làng Quan Phác là một làng cổ trong xã Cẩm Vân, có lịch sử hình thành khoảng 600 năm. Đến năm 2014, làng có khoảng 800 nhân khẩu, với một cơ cấu kinh tế nông - công nghiệp ổn định đã tạo nên bộ mặt nông thôn thêm khởi sắc. Làng hiện là nơi cư trú của các dòng họ như họ Phạm, họ Lê, họ Nguyễn; trong đó họ Lê có số lượng dân cư lớn nhất.

Cẩm Vân là xã duy nhất của huyện Cẩm Thủy có số lượng người Kinh sinh sống đông nhất; duy nhất cũng có làng Biện Thượng (làng Tường Yên) là nơi cư trú của dân tộc Mường nhưng nay cũng đã Việt hóa. Nguồn gốc người Kinh ở các làng đến từ các nơi như Nghệ An, Nam Định, Thái Bình, Hà Đông và các huyện trong tỉnh như Nga Sơn, Hậu Lộc, Đông Sơn, Nông Cống, Vĩnh Lộc, Yên Định và Hoằng Hóa.

Năm 2018, thực hiện Quyết định 3110/QĐ-UBND của UBND tỉnh Thanh Hoá về việc đổi tên; chuyển thôn thành khu phố; sáp nhập để thành lập thôn, tổ dân phố tại xã, phường, thị trấn thuộc các huyện, thị xã, thành phố trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa. Cụ thể như sau:

-  Sáp nhập thôn Tiên Lăng 1 và thôn Tiên Lăng 2 để thành lập thôn Tiên Lăng.

-  Sáp nhập thôn Đồi Chông và một phần thôn Tường Yên để thành lập thôn Đồi Chông. 

-  Sáp nhập thôn Vân Trai và thôn Quan Bằng để thành lập thôn Vân Quan.

-  Sáp nhập làng Dò và thôn Cò Đồm và một phần thôn Cát Khánh để thành lập thôn Vân Bằng.

-  Sáp nhập một phần thôn Cát Khánh và thôn Vân Long để thành lập thôn Vân Cát.

-  Sáp nhập thôn Phác Vân và thôn Eo Lê để thành lập thôn Phác Lê.

Do đó, sau sáp nhập xã Cẩm Vân còn 09 thôn gồm: Đồi Vàng, Tiên Lăng, Đồi Chông, Tường Yên, Quan Phác, Vân Quan, Vân Bằng, Vân Cát, Phác Lê. 

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 786/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thanh Hóa (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 12 năm 2019). Theo đó, sáp nhập toàn bộ thôn Phác Lê vào xã Cẩm Tân.

Như vậy, sau khi thực hiện kế hoạch sáp nhập thôn và sáp nhập xã, đến nay xã Cẩm Vân còn 08 thôn gồm: Đồi Vàng, Tiên Lăng, Đồi Chông, Tường Yên, Quan Phác, Vân Quan, Vân Bằng, Vân Cát.